Les factions autochtones attaqueront les vaisseaux pénétrant dans leur territoire si leur propriétaire ne bénéficie plus de la protection de zone. Ainsi, si vous avez déjà quitté la zone protégée pour rejoindre un autre système dans la galaxie principale, les autochtones deviendront hostiles à vos flottes. Toutefois, cela a également un avantage : après avoir quitté la zone de protection, vous pourrez détruire les flottes et structures des peuples autochtones. D'autre part, en détruisant leurs postes avancés, ils perdront leur territoire qui pourra alors être capturé par des alliances.