Les alliances peuvent créer des structures spéciales pour protéger et étendre leur territoire.
Pour construire son QG, une alliance doit tout d'abord disposer de suffisamment de ressources (données par ses membres), puis sélectionner un système stellaire inoccupé. Le territoire d'une alliance se développera ensuite progressivement autour de son QG.
Une alliance peut également construire des postes avancés dans d'autres systèmes afin d'étendre son territoire plus rapidement. Une alliance peut également construire des systèmes de défense spéciaux dans son territoire, qui attaqueront alors l'ennemi au cours des guerres d'alliances.
Le nombre de structures d'alliance pouvant être construites dépend du niveau de l'alliance.